En este período el Consejo de Defensa Fiscal mantuvo su línea de independencia y estabilidad, si bien se introdujeron varias modificaciones a la estructura establecida en 1925, no fueron sustanciales: en 1958 (Decreto Supremo Nº 3.560, Reglamento Orgánico, dictado en virtud de las facultades concedidas por el D.F.L. Nº 7/5.707, de 1956), en 1960 (D.F.L. Nº 238, Ley Orgánica) y en 1963 (D.F.L. Nº 1 de 1963, Estatuto Orgánico).

Sin perjuicio de lo anterior, cabe mencionar que en dichas disposiciones se establecen algunos cambios importantes. Desde el Reglamento Orgánico de 1958 pasa a tener la actual denominación de Consejo de Defensa del Estado (CDE); se eleva a doce el número de abogados consejeros; se incorporan el Servicio de Cobranza Judicial y el Servicio de Defensa de la Ley de Alcoholes, pasando a convertirse en nuevos departamentos del Consejo, sin embargo, las tareas propias de la cobranza de impuestos duraron sólo hasta 1968, cuando fueron traspasadas al Servicio de Tesorería.

En 1979 la Junta de Gobierno dictó el Decreto Ley Nº 2.573, nueva Ley Orgánica del Consejo, modificada luego por la Ley Nº18.232, de 1983, estableciéndose, entre otras modificaciones, que los abogados consejeros pasan a ser funcionarios de la exclusiva confianza del Jefe de Estado. Además, se ampliaron las facultades del Consejo, específicamente para adecuarlas a nuevos institutos incorporados a la Constitución de 1980 tales como el recurso de protección y la acción de indemnización por error judicial, sin perjuicio de autorizar su intervención en otros asuntos civiles, criminales y tributarios; en este último caso, una vez que existiera querella del Servicio de Impuestos Internos.

En esta etapa se intensificó y diversificó el trabajo del CDE, al otorgársele atribuciones en materia criminal en hechos que no necesariamente implicaban daño al patrimonio fiscal, pero que sí constituían situaciones de perjuicio para el interés superior de la sociedad como el tráfico de drogas. Esta situación se hace más patente a contar de la dictación de la Ley Nº 19.202, de 1993, cuyo texto refundido, coordinado y sistematizado se contiene en el D.F.L. Nº 1 de Hacienda del mismo año, actual Ley Orgánica, en que los legisladores acuerdan –tras fortalecer la independencia del Presidente y de los abogados consejeros– que el Consejo de Defensa del Estado puede ejercer y sostener la acción penal tratándose de hechos que puedan originar grave daño social o cuando sea conveniente para los intereses del Estado o de la sociedad.

A todo lo anterior, se agregan las facultades que se le confieren en el control del narcotráfico por la Ley Nº 19.366, de 1995, que incluso estableció el departamento de Control del Tráfico Ilícito de Estupefacientes, que tiene a su cargo las investigaciones preliminares en casos de lavado de dinero. Asimismo, la Ley Nº 19.300 de 1994, de Bases del Medio Ambiente, concedió al CDE la titularidad en el ejercicio de la acción de daño ambiental que motivó, en 1997, la creación de la Unidad de Medio Ambiente, que cuenta con profesionales especializados en dichas materias.

Posteriormente, con la Ley 19.966 de 2004 se creó la Unidad de Mediación por daños ocurridos en establecimientos públicos de salud que es responsable de elaborar los procedimientos y administrar los recursos destinados a la operación del sistema de mediación prejudicial entre los usuarios (as) del sistema de salud público y la red de prestadores de servicios.

Por último, puede señalarse que con la creación del Ministerio Público y la entrada en vigencia del nuevo Sistema Procesal Penal, se dictaron normas que vinieron a modificar en parte algunas atribuciones del Consejo, que dejó de tener la facultad de poder sostener la acción penal tratándose de hechos que pudieran originar grave daño social o cuando fuera conveniente para los intereses del Estado o de la sociedad.

También, tratándose de causas a cargo del Departamento de Defensa de la Ley de Alcoholes, como en las causas relacionadas con el tráfico ilícito de estupefacientes y en nuevas investigaciones de lavado de dinero, la función de investigación y persecución corresponde exclusivamente al Ministerio Público, conservando el Consejo la competencia respecto de todos aquellos hechos constitutivos de delitos cometidos con anterioridad a su entrada en vigencia.